Seit etwa 1890 gibt es in Basler Schulen Initiativen von Lehrpersonen, den Schulkindern zu einer gesunden Mahlzeit zu verhelfen. Daraus entstand im Jahr 1952 die Stiftung "Schulsuppen- und Schulmilchfond in Basel", welche sich im Jahr 2000 den neuen Namen "Basler Znüni-Stiftung" gab.
In den über 100 Jahren haben sich die Probleme rund um die Ernährung sehr verändert. Während Jahrzehnten - speziell auch in den Kriegsjahren - stand die quantitative und qualitative Unterernährung der Kinder im Vordergrund. Die meist von Abwarten im Keller der Schulhäuser ausgeschenkte warme Suppe, erfüllte den erwünschten Zweck der Hungerstillung und Aufrechterhaltung der Leistungsfähigkeit bis zur Mittagspause. Mit dem Rückgang der Infektionskrankheiten bei Menschen und Tieren, dies dank verbesserter Hygiene, Konservierungstechniken und Antibiotika, fand nach dem 2. Weltkrieg dann die Milch als Pausenmilch Eingang in die Basler Schulen.
In der Schule gab es schon seit Jahrzehnten immer wieder Initiativen von Gesundheitsteams oder Einzelpersonen, die sich um täglich frische Produkte in der Znüni-Verpflegung bemühen. So gab es mehrfach auch Angebote von "Pausenäpfel", teilweise zur selben Zeit wie die Pausenmilch. Ein attraktives und gesundes Angebot an Zwischenverpflegung ist sicher ein wichtiger Beitrag zu einer Schulhauskultur. Der alte Gedanke der Aufrechterhaltung der Leistungsfähigkeit bis zur Mittagspause könnte heutzutage aber durchaus noch immer oder wieder eine wichtige Rolle.
Früher organisierte und finanzierte die Stiftung somit Schulsuppen, Schulmilch und Pausenäpfel für Schülerinnen und Schüler im Kanton Basel-Stadt, heute fördert die Basler Znüni-Stiftung die gesunde Ernährung in Schulen und Kindergärten in dem sie Projekte unterstützt. Seit dem Jahr 2012 vergibt die Stiftung zudem einen Basler Znüni-Stiftungspreis als Anerkennung an Schulen und Kindergärten, die sich in nachhaltiger Weise und im Sinne des Stiftungsgedanken der Basler Znüni-Stiftung speziell für eine gesunde Ernährung einsetzen.